PhyloSuite使用教程
打开PhyloSuite
解压压缩包,找到PhyloSuite.exe并双击打开
PhyloSuite的使用使用PhyloSuite进行系统发育分析需要用到线粒体或叶绿体的.gb文件
按照下图所示步骤进行操作导入gb文件,在此,我们以本地选择文件(a)为例。选择Arabidopsis thaliana(NC_037304)和Cucurbita pepo(NC_014050 )两个物种。
Extract导入的gb文件:在导入成功后,我们对导入的文件进行Extract,如下图所示。
如果你分析的是线粒体就选择线粒体,叶绿体同上。这里我们以线粒体为例。选择好后,其余参数一般保持不变,然后点击start即可。
运行完成后,会出现如下图所示的界面,直接点击ok会在文件管理器中打开,点击cancel则会直接关闭窗口
在程序的主界面,会出现如下内容,我们点击CDS_NUC。建议可以点击上面的name将文件排序一下。
筛选共有基因:接下来,我们在点开CDS_NUC之后,要进行共有基因的筛选。共有基因越多,构建的系统发育树越准确假设你选择了20个物种进行系统发育分析 ...
ncbi下载文件
1. 登录NCBI网站首先登录ncbi网站:National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
2. 查询物种以查询Lycopodium japonicum(石松)的线粒体为例,
选择核苷酸数据库
输入物种名
点击search
然后可以进行一些参数设置,一般是Sort by Sequence Length,如果accession number 有NC开头的,就尽量选NC的那一个。然后点进去。
3. 文件下载
点击右边的send to,如果想下载.genbank或者.fasta文件,直接按照上面的步骤来就可以;如果是想下载基因的序列,则在第二步选择coding_sequence文件直接下载即可。
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dispersed repeats 分析
打开网站使用在线网站Reputer(BiBiServ2 - REPuter (uni-bielefeld.de))进行散在重复序列分析。
点击Submission。
上传文件点击upload上传fasta文件,其他的参数保持默认就行。
上传成功后点击next。
设置参数
左边的Match Direction全都选上
右边我使用的参数:Hamming Distance: 3Maximum Computed Repeats: 5000Minimal Repeat Size: 30
设置好之后,点击next。
分析并导出结果点击 start calculcation
等它运行完,结果就出来了
然后自行下载文件即可。
第二行 454458: 序列长度, 后面的-3,8 分别为maximum allowed distance, minimum repeat size
数据一共有7列:
重复序列1的长度
重复序列1的起始位置
重复序列类型:Forward (direct) [F]; Reverse [R]; Complement [C]; Palindromic [P]
重复序 ...
SSR分析
使用Misa(Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de))在线网站进行SSR分析
填写接受结果的邮箱输入要进行分析的文件:
可使用序列的NC号
使用本地文件
输入项目名,做到见名知意调整SSR参数一般调整为:10,5,4,3,3,3
点击start例:
之后会进入这个页面,分析完成后,网站会自动把结果发送至你填写的邮箱。
网站会发送给你两个邮件,一个是通知,不用管它,分析结果在另一个文件中。
打开这个压缩包,里面有个.statistics文件,打开
文件结果
汇总结果
详细结果
其实箭头所指的数字就是total,如果觉得不方便看的话,可以在第一列后边加个tab缩进。
调整后的结果图:
blast
下载blast12wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gztar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz
构建数据库1makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index
-in:构建数据库所用的序列文件。
-dbtype:数据库类型。构建的数据库是核苷酸数据库时,dbtype设置为nucl,数据库是氨基酸数据库时,dbtype设置为prot。以核苷酸数据库为例
-out:数据库名称。建议以建库基因组的名字来命名,做到见名知意。
以石松的线粒体序列为例:
建完库后会出现以下文件:
序列比对构建好数据库就可进行序列比对。序列比对的工具共有5种,大家可以根据自己序列比对的类型进行选择。以blastn为例。
blastn:将核苷酸序列比对至核苷酸数据库。
blastp:将氨基酸序列比对至氨基酸 ...
我报路长嗟日暮
《一剪梅·舟过吴江》4月3日一片春愁待酒浇。江上舟摇,楼上帘招。
秋娘渡与泰娘桥,风又飘飘,雨又潇潇。
何日归家洗客袍?银字笙调,心字香烧。
流光容易把人抛,红了樱桃,绿了芭蕉。
——蒋捷
《春宵》3月14日春宵一刻值千金,花有清香月有阴。
歌管楼台声细细,秋千院落夜沉沉。
——苏轼
《定风波·南海归赠王定国侍人寓娘》3月13日王定国歌儿曰柔奴,姓宇文氏,眉目娟丽,善应对,家世住京师。
定国南迁归,余问柔:“广南风土,应是不好?”
柔対曰:“此心安处,便是吾乡。”因为缀词云。
常羡人间琢玉郎,天应乞与点酥娘。
尽道清歌传皓齿,风起,雪飞炎海变清凉。
万里归来颜愈少,微笑,笑时犹带岭梅香。
试问岭南应不好,却道:此心安处是吾乡。
——苏轼
《蝶恋花·伫倚危楼风细细》3月12日伫倚危楼风细细,望极春愁,黯黯生天际。
草色烟光残照里,无言谁会凭阑意。
拟把疏狂图一醉,对酒当歌,强乐还无味。
衣带渐宽终不悔,为伊消得人憔悴。
——柳永
《临江仙·梦后楼台高锁》3月11日梦后楼台高锁,酒醒帘幕低垂。
去年春恨却来时,落花人独 ...
孙宁的博客
大家好呀!欢迎来到Sunning的博客。如果大家有什么问题,可以邮件联系我:sunning@njfu.edu.cn。我将会在博客中写一些关于工作和生活方面的事。目前博客正在建设中~
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心灵的微光
2023年12月18日2023年12月15日在对SNP位点进行验证时,并没有考虑到含有内含子的CDS,下面要解决如何把内含子考虑在内。要参考贺同学的代码,使用BioPython。12月17日已解决