OrthoFinder结果绘制Venn图
文件准备在运行完OrthoFinder程序之后，会在目录中生成一个OrthoFinder文件夹，里面有一个Results文件夹，Result文件目录如下图所示 绘制韦恩图所需要的文件是Orthogroups中的Orthogroups.GeneCount.tsv 整理Orthogroups.GeneCount.tsv文件，删除total列，从第二列开始，将每一行中不为零的数据改为第一列中Orthogroup的名字，将带0的数据去掉。使用extract_GeneCount_to_VennFile_Linux.py或extract_GeneCount_to_VennFile_windows.py脚本一步到位。 脚本获取位置： https://github.com/sunning03/extract_GeneCount_to_VennFile 脚本使用Windows版脚本使用方法input_file：输入tsv文件路径 output_file：输出文件路径 Linux版脚本使用方法1python GeneCount_to_VennFile_windows.py...
PhyloSuite使用教程
打开PhyloSuite 解压压缩包，找到PhyloSuite.exe并双击打开 PhyloSuite的使用使用PhyloSuite进行系统发育分析需要用到线粒体或叶绿体的.gb文件 按照下图所示步骤进行操作导入gb文件，在此，我们以本地选择文件（a）为例。选择Arabidopsis thaliana（NC_037304）和Cucurbita pepo（NC_014050...
ncbi下载文件
1. 登录NCBI网站首先登录ncbi网站：National Center for Biotechnology Information (nih.gov) 2. 查询物种以查询Lycopodium japonicum（石松）的线粒体为例， 选择核苷酸数据库 输入物种名 点击search 然后可以进行一些参数设置，一般是Sort by Sequence Length，如果accession number 有NC开头的，就尽量选NC的那一个。然后点进去。 3. 文件下载 点击右边的send to，如果想下载.genbank或者.fasta文件，直接按照上面的步骤来就可以；如果是想下载基因的序列，则在第二步选择coding_sequence文件直接下载即可。
dispersed repeats 分析
打开网站使用在线网站Reputer（BiBiServ2 - REPuter (uni-bielefeld.de)）进行散在重复序列分析。 点击Submission。 上传文件点击upload上传fasta文件，其他的参数保持默认就行。 上传成功后点击next。 设置参数 左边的Match Direction全都选上 右边我使用的参数：Hamming Distance: 3Maximum Computed Repeats: 5000Minimal Repeat Size: 30 设置好之后，点击next。 分析并导出结果点击 start calculcation 等它运行完，结果就出来了 然后自行下载文件即可。 第二行 454458: 序列长度， 后面的-3，8 分别为maximum allowed distance， minimum repeat size 数据一共有7列： 重复序列1的长度 重复序列1的起始位置 重复序列类型：Forward (direct) [F]; Reverse [R]; Complement [C]; Palindromic...
SSR分析
使用Misa（Misa-web - IPK Gatersleben (ipk-gatersleben.de)）在线网站进行SSR分析 填写接受结果的邮箱输入要进行分析的文件： 可使用序列的NC号 使用本地文件 输入项目名，做到见名知意调整SSR参数一般调整为：10，5，4，3，3，3 点击start例： 之后会进入这个页面，分析完成后，网站会自动把结果发送至你填写的邮箱。 网站会发送给你两个邮件，一个是通知，不用管它，分析结果在另一个文件中。 打开这个压缩包，里面有个.statistics文件，打开 文件结果 汇总结果 详细结果 其实箭头所指的数字就是total，如果觉得不方便看的话，可以在第一列后边加个tab缩进。 调整后的结果图：
blast
下载blast12wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gztar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 构建数据库1makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out...
我报路长嗟日暮
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孙宁的博客
大家好呀！欢迎来到Sunning的博客。如果大家有什么问题，可以邮件联系我：sunning@njfu.edu.cn。我将会在博客中写一些关于工作和生活方面的事。目前博客正在建设中~ 工作计划： 网站的外观主题 菜单栏 主页 学习工作 做生信用到的软件 画图的命令 写的脚本和代码 出版的文章 证书，奖项 生活 看过的书 看过的电影 看过的动漫 做的手工（图片，教学视频） 每天一首诗 小宁的植物花园 日记 网站的内容: 用到的一些网站 做的手工 要做的事情 已经发表的文章 使用到的命令： 123456hexo clearhexo ghexo serverhexo dhexo new 'chenge-first-blog'hexo
心灵的微光
2023年12月18日2023年12月15日在对SNP位点进行验证时，并没有考虑到含有内含子的CDS，下面要解决如何把内含子考虑在内。要参考贺同学的代码，使用BioPython。12月17日已解决