打开PhyloSuite

  1. 解压压缩包，找到PhyloSuite.exe并双击打开
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PhyloSuite的使用

使用PhyloSuite进行系统发育分析需要用到线粒体或叶绿体的.gb文件

  1. 按照下图所示步骤进行操作导入gb文件，在此，我们以本地选择文件（a）为例。选择Arabidopsis thaliana（NC_037304）和Cucurbita pepo（NC_014050 ）两个物种。

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  1. Extract导入的gb文件：在导入成功后，我们对导入的文件进行Extract，如下图所示。

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  1. 如果你分析的是线粒体就选择线粒体，叶绿体同上。这里我们以线粒体为例。选择好后，其余参数一般保持不变，然后点击start即可。

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  1. 运行完成后，会出现如下图所示的界面，直接点击ok会在文件管理器中打开，点击cancel则会直接关闭窗口

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  1. 在程序的主界面，会出现如下内容，我们点击CDS_NUC。建议可以点击上面的name将文件排序一下。

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  1. 筛选共有基因：接下来，我们在点开CDS_NUC之后，要进行共有基因的筛选。共有基因越多，构建的系统发育树越准确假设你选择了20个物种进行系统发育分析，那么共有基因就是这20个物种都包含的基因。以atp1.fas为例，双击atp1.fas，如果在下图右边所示的窗口中有20行数据（也就是20个物种）,那么atp1就可以选。如果没有20个，那这个基因就不可以选，即使有19个物种也不行。如果不是共有基因，可以右键直接删除。
    当然，具体情况要具体分析，比如由于注释不统一的问题，相同基因名称可能会不一样，另外也要考虑基因别称的因素。此外，如果在很多基因中，都是只有某一个物种缺少这些基因，那么可以考虑删除这个物种。
    在此，为了方便，我以两个物种的

    基因别称 基因名
    orf25 atp4
    orfB atp8
    orfX mttB
    NAD nad
    ATP atp
    COX cox
    ccmFN ccmFn
    ccmFN ccmFn
    ccmFC ccmFc
    atp1- atp1
    atp6- atp6
    atp8- atp8
    ccmC- ccmC
    cob- cob
    cox2- cox2
    nad4L- nad4L
    rps19- rps19
    rps7- rps7
    sdh3- sdh3
    mat-R matR
    coxI cox1
    coxIII cox3
    tatC mttB

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  1. MAFFT序列比对
    筛选完共有基因后，使用mafft进行序列比对。

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点击文件夹，选择之前筛选的共有基因文件夹，

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ctrl+A选择全部，点击打开

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进行如下图所示的操作，点击ok

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点击start,注意不要有中文路径

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  1. 连接序列

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选择比对好的序列，进行连接

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  1. IQ-Tree构建系统发育树

选择上面的.phy和.fas文件构建系统发育树，注意选择外群，其余参数可以不变

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  1. 建树完成后，打开结果文件夹，iqtree选择的模型在.log文件夹中，可使用itol在线网站（iTOL: Interactive Tree Of Life (embl.de)）对.treefile文件进行可视化和编辑

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