文件准备

在运行完OrthoFinder程序之后，会在目录中生成一个OrthoFinder文件夹，里面有一个Results文件夹，Result文件目录如下图所示

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绘制韦恩图所需要的文件是Orthogroups中的Orthogroups.GeneCount.tsv

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整理Orthogroups.GeneCount.tsv文件，删除total列，从第二列开始，将每一行中不为零的数据改为第一列中Orthogroup的名字，将带0的数据去掉。使用extract_GeneCount_to_VennFile_Linux.py或extract_GeneCount_to_VennFile_windows.py脚本一步到位。

脚本获取位置：

https://github.com/sunning03/extract_GeneCount_to_VennFile

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脚本使用

Windows版脚本使用方法

input_file：输入tsv文件路径

output_file：输出文件路径

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Linux版脚本使用方法
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python GeneCount_to_VennFile_windows.py Orthogroups.GeneCount.tsv VennDraw.txt

其中，Orthogroups.GeneCount.tsv 为输入tsv文件；VennDraw.txt为输出文件。

使用jvenn网站可视化

登录jvenn网站（jvenn (inrae.fr)）

上传处理好的文件

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上传后，图片会自动出来，可选择下载svg文件

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“?”结果是因为空间太小而展示不开，放到问号这边它会自动显示。需要自己手动修改一下。

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